La Asociación de Padres y Madres de Alumnos de EKINTZA Ikastola es una asociación a la que pertenecen todas las familias del centro y  que representa a todas ellas. Sirve de puente entre las familias y la Dirección de la ikastola, a través de una relación fluida y coordinada. Además, participa en el día a día de la ikastola, ya que  promueve y organiza distintas actividades de interés para el alumnado y las familias. Es el caso del grupo de montaña BAGOAZ, que surgió con el fin de favorecer la práctica de deporte y ejercicio físico en familia y en un entorno natural; AZOKA TXIKIA, una iniciativa para  comprar, vender o donar todo aquel material escolar que las familias ya no necesitan,  desde libros de texto  hasta instrumentos musicales; o IKASLAN, el grupo formado por alumnos y alumnas de los cursos superiores que ofrecen a las familias de la ikastola ayuda en tareas relacionadas con el cuidado o seguimiento escolar de sus hijos.

Para organizar de forma óptima esta representación de las familias, dentro de la AMPA existen dos órganos principales: la Junta Directiva y la Comisión de Representantes. Las personas que forman estos órganos van variando cada curso. La Junta Directiva está formada en este momento por seis personas, y se encarga de establecer el contacto directo con la Dirección de EKINTZA. También asume la gestión económica y resto de tareas propias de la asociación. En cuanto a la Comisión de Representantes está formada, además de por los miembros de la Junta, por las familias que ejercen de delegados/as de cada una de las clases, asegutando así  la representatividad de las familias, su acceso a la información, y la posibilidad de plantear propuestas a la ikastola.